Dans Smallville, les clins d'oeil à Superman, que ce soit par des phrases ou par des détails visuels (Clark toujours habillé en rouge, présence de couvertures rouges qui rappellent la cape de Superman, etc...) sont très nombreux. Mais il est plus rare que les réalisateurs et scénaristes d'épisodes reprennent directement des scènes du film Superman.

Nous avons ce cas dans Commencement, épisode final de la saison 4 qui se conclut au pôle Nord. Après avoir été réunis par Clark dans la salle secrète des grottes Kawatche, les trois cristaux (eau, air, feu) ont formé un seul cristal ayant la forme du blason de Superman. Clark a alors été téléporté directement au pôle Nord, le lieu ou cet objet doit être utilisé afin de bâtir la Forteresse de Solitude.

Nous retrouvons alors une scène identique à une scène du film Superman : Clark est seul au milieu de la glace, il regarde autour de lui un peu perdu, puis comprend ce qu'il doit faire du cristal et le lance loin devant lui. La succession de plans est la même dans la série et dans le film : plan serré sur Clark qui jette le cristal, plan sur le cristal dans les airs qui se rapproche de l'écran, avant de retomber sur le glace (ce que nous ne voyons pas dans la série). Il apparait clairement que le réalisateur de cet épisode a voulu rester fidèle au film de Richard Donner. Et cela laisse présager la séquence qui devrait suivre dans le premier épisode de la saison 5 (apparition de la Forteresse).

Depuis les débuts de la série, Gough et Millar sont restés proches de l'univers du film de Richard Donner : même scène d'arrivée de Clark sur Terre, participation de Christopher Reeve, participation de Margot Kidder (Lois Lane des films "Superman"), décor de la ferme des Kent similaire à celui du film, etc... Ils le confirment encore en cette fin de saison 4.

Autre cas d'une référence directe à Superman : l'épisode Désignée coupable de la saison 4. Clark vit une histoire d'amour avec Alicia, malheureusement entachée par les accusations de tentative de meurtre qui pèsent sur sa petite amie. Alicia est la coupable idéale, personne ne veut croire en son innocence, même Clark doute de son honnêteté. Et puis c'est le drame : Alicia est assassinée par le véritable coupable.

Nous avons alors droit à une scène identique à celle du film Superman, lorsque Lois vient de trouver la mort dans sa voiture suite à un tremblement de Terre. La situation est la même : les deux héros (Clark dans Smallville, Superman dans le film) sont arrivés trop tard pour sauver l'être aimé, et ne peuvent que constater leur échec à lui venir en aide. La scène montre la même réaction de l'amoureux blessé : il aperçoit celle qui l'aime, court vers elle et la prend dans ses bras, constate sa mort, ses traits montrent alors sa peine profonde puis il hurle de désespoir vers le ciel. Il entre alors dans une phase de colère, il devient fou de rage et ne se contrôle plus, ce qui le pousse à commettre l'interdit.

Dans Smalville, il s'apprête alors à tuer l'assassin, mais Lois (hasard ?) l'en empêche au dernier moment. Dans Superman, il enfreint l'interdit, puisqu'il décide de changer le cours du temps (en faisant reculer la Terre) pour sauver Lois, ce qui lui a été formellement interdit par son père biologique (Jor-El). Dans les deux cas nait un sentiment de culpabilité : celui de ne pas avoir fait confiance à Alicia pour Clark, celui de ne pas s'être occupé de Lois en priorité pour Superman.